Vào tháng 8 năm 2014, nhà cầm quyền tại quận 2, thành phố Sài Gòn có gửi một văn thư đến HT Thích Không Tánh và yêu cầu chùa Liên Trì tại Thủ Thiêm phải dời đi cùng với các cơ sở tôn giáo khác như Nhà thờ và Dòng Mến Thánh Giá Thủ Thiêm.
Tiếp đến, tháng 9.2014, họ gửi văn thư yêu cầu Chùa Liền Trì phải di dời và hạn chót là cuối tháng 9.2014, nếu không, họ sẽ cưỡng chế bằng mọi biện pháp.
Ngay sau đó, HT Không Tánh có phổ biến thông tin này. Nhờ sự lên tiếng và bênh vực của Hội Đồng Liên Tôn, Quý Chức sắc Tôn giáo, các Tổ chức trong và ngoài nước, và trên 5.000 chữ ký của đồng bào yêu cầu nhà cầm quyền không được giải tỏa các cơ sở tôn giáo tại Thủ Thiêm.
Tuy nhiên, vào dịp cuối năm 2014, nhà cầm quyền đưa ra phương án thứ hai là sẽ đền bù cho Nhà Chùa một miếng đất khoảng 600 m2 ở một vùng hẻo lánh nào đó, và 700 triệu đồng để xây Chùa, nhưng Chùa Liên Trì không đồng ý và HT Không Tánh đưa ra bản kiến nghị phản đối hành động tạo áp lực và đòi san bằng chùa Liên Trì.
HT Không Tánh đã kể sự việc với Phóng viên Nguyễn Vũ như sau: